在2002年的《X档案》发表六年后，前联邦特工达娜·史高丽(吉莲·安德森·吉莲·安德森饰)被转移到一家教会医院当医生，而福克斯·穆德(大卫·杜楚尼·大卫·杜楚尼饰)则隐居起来，继续关注超自然现象。一天，联邦调查局特工来寻求他们的帮助。事实证明，几名女性在弗吉尼亚神秘失踪了一段时间，其中包括一名联邦特工。约瑟夫神父(比利·康诺利)声称看到了犯罪照片，联邦调查局希望穆德和史高丽，他们在超自然案件方面有丰富的经验，会协助调查。然而，随着调查的深入，穆德和史高丽发现案件的黑暗远远超出了他们的想象。这对合作多年的搭档正面临着巨大的考验……这部电影是同名美国戏剧的第二个戏剧版本。