水族馆里出生了四条小鱼，包括哈罗德的女儿伊莎贝尔。伊莎贝尔身上有难看的斑点，还少了一些鳞片，她的样子被鱼派的其他成员嘲笑。这条鱼的首领瑟斯顿要求哈罗德把伊莎贝尔藏起来，否则有人会发现它们并把它们扔到海里。爱玩的伊莎贝尔被人类发现了，她和哈罗德一起被扔进了茫茫大海。海面上突如其来的巨大风浪导致水族箱里的鱼都掉进了海里。有一段时间，伊莎贝尔和哈罗德分居了。伊莎贝尔偶遇Eipl，结识了一群长相奇特的鱼，他们都因为外在的缺陷而被同一个家族排挤。在爱普尔的带领下，伊莎贝尔和其他鱼准备穿越火山，到达珊瑚礁寻找哈罗德。另一方面，哈罗德在海参卡尔的陪同下，未能找到女儿。他伤心欲绝，带着鱼离开了。成功穿越火山的伊莎贝尔在珊瑚礁上遇到了哈罗德，珊瑚礁女王的出现让父女大吃一惊。原来女王是伊莎贝尔的母亲。全家人聚在一起。